陕西周至黑河湿地省级自然保护区于2006年12月30 日经省政府（陕政函[2006]187号）批准设立、是以黑河水库为主的湿地及其区域森林生态系统为主要保护对象的内陆湿地和水域生态系统类型的自然保护区。该保护区地处周至秦岭北坡，保护区总面积13125.5公顷（折合196,882.5亩）。包括黑河库区湿地保护区和黑河入渭河口湿地保护区两部分。黑河库区湿地保护区部分东以就峪山梁为界，西到青岗砭，南至陈河口，北抵仙游寺新址与马召涌泉、武兴村接壤，面积12535公顷。其中，核心区面积3595公顷，缓冲区面积3212.5公顷，实验区面积5727.5公顷。黑河入渭河河口湿地保护区部分东起尚村镇青化坊滩，西至富仁镇原村滩，南至终南镇老堡子村，北抵渭河河心与兴平市交界，面积590.5（试验区）公顷，其中：河堤内面积437公顷，河堤外面积153.5公顷。该自然保护区的设立对于保护和改善区域水源涵养功能、保障对西安市的供水安全具有十分重要的意义。

据调查，保护区现有种子植物232种，野生鱼类4目9科54种、两栖动物2目4科9种、爬行动物3目5科15种、鸟类14目38科143种。鸟类主要有Ⅰ级保护动物有黑鹳、大鸨2种，Ⅱ级保护种类有隼形目的鸢、鹰、鹞、隼、鸮形目的鱼鸮、角鸮、鸺鹠，鸡形目的红腹角雉、勺鸡、红腹锦鸡、血雉等13种。

陕西黑河湿地于2008年8月6日被陕西省人民政府列入《陕西省重要湿地名录》。

陕西黑河珍稀水生野生动物国家级自然保护区是于2012年3月经陕西省人民政府批准设立的省级自然保护区（陕政函[2012]43号），2016年5月经国务院办公厅批准晋升为国家级自然保护区（国办发[2016]33号）。该保护区位于秦岭北坡中部，周至县境内的黑河流域，是以保护秦岭细鳞鲑、大鲵、水獭等珍稀野生动物及栖息地为主的自然保护区。

保护区总面积4618.58公顷，其中核心区面积1408.44公顷，缓冲区面积1462.87公顷，试验区面积1747.27公顷。保护区的建立，对于遏制资源衰退趋势，恢复种群数量、修复栖息环境，促进生物多样性的保护具有重要意义。

根据《关于设立陕西周至黑河湿地省级自然保护区管理中心的通知》（周编发【2012】10 号）文件，设立陕西周至黑河湿地省级自然保护区管理中心；依据《中共周至县委机构编制委员会关于周至县有关事业单位单位机构编制调整事项的通知》（周编发[2019]8号）文件，将陕西黑河珍稀水生野生动物自然保护区管理中心并入陕西周至黑河湿地省级自然保护区管理中心（合称保护区中心），合署办公，一套机构，两块牌子，为周至县秦保局所属全额事业单位，核定事业单位编制10人，实有9人，主任1名，副主任2名，下设党政办、财务科、项目信息科、资源管理科四个科室，机构规格未明确。

近年来，保护区中心不断加强基础设施建设，逐步完善各项管理制度，珍稀水生野生动物资源保护成效显著，大鲵、秦岭细鳞鲑、水獭等珍稀水生野生动物的野外种群数量稳中有升，社区群众的保护意识有所增强。